"전설의 공중도시 ‘라퓨타’를 향한 거대한 여정이 시작된다!" 해적 일당의 습격으로 비행선 아래로 떨어지게 된 소녀 ‘시타’는 광산촌의 견습 기계공인 소년 ‘파즈’에 의해 목숨을 구하게 된다. 둘은 하늘을 나는 전설 속 ‘라퓨타’를 함께 찾기로 약속하지만 신비한 힘을 품은 ‘시타’의 비행석 목걸이를 노리는 군대와 무자비한 해적들에게 쫓겨 위기를 겪게 되는데…!